Det tillkännagav kommissionen i ett pressmeddelande på tisdagen.
Den 18 november ansökte Migrationsverket på uppdrag av regeringen om 2 miljarder kronor i stöd fram till årsskiftet för mat, boende och bevakning.
Nödmedlen kommer från EU:s Asyl, Migration och Integrationsfond (AMIF).
Beloppet var det högsta som tidigare har utdelats av EU för flyktingkrisen i år. Tidigare högsta belopp har varit 20 miljoner euro till Grekland och 19 miljoner euro till Italien.
På tisdagen beslutade kommission också att ge Finland 8 miljoner euro och Belgien 5 miljoner euro för sitt flyktingmottagande.
Kommissionen påpekade att Sveriges tilldelning för normal verksamhet ur AMIF-fonden 2014-2020 är 118,5 miljoner euro.