"Jag är inte arkitekten till Luxemburgs skattemodell. Enligt luxemburgsk lag kan finansministern inte ge instruktioner till skattemyndigheterna", sade han vid en presskonferens. Jean-Claude Juncker var också under lång tid även finansminister.

Avslöjanden i förra veckan att skattedomar i Luxemburg har gett många företag, som Ikea, Pepsi och FedEx möjlighet till att betala mycket låg skatt.

"Jag beklagar dessa skattedomar om de har lett till ickebeskattning av företag", sade Jean-Claude Juncker.

Han underströk att skattedomarna följde nationell lagstiftning i Luxemburg och internationella regler.

Problemet är de stora skillnaderna i skattelagstiftning mellan EU-länderna. Och 22 EU-länder har utfärdat olika former av skattedomar, sade Jean-Claude Juncker.

Därför kommer kommissionen att fortsätta arbetet för att skapa enlighet om en gemensam skattebas i EU.

Alla skattefrågor kräver enhällighet inom EU och den gemensamma skattebasen har mött stort motstånd från många EU-länder. Jean-Claude Juncker sade att han dock föredrog att skattebasen skulle harmoniseras bland de 28 EU-länderna och inte att en mindre grupp EU-länder skulle göra det.

Kommissionens ordförande föreslog också att EU-ländernas ska införa ett automatiskt utbyte mellan sig om skattedomar.

"Mot bakgrund av våra erfarenheter så är det det enda sättet att få transparens"; sade han.

Han kommer också att ta upp förslaget vid G20-mötet i Brisbane.

Samtidigt förklarade han att han är för rättvis skattekonkurrens men motsätter sig orättvis skattekonkurrens.

Jean-Claude Juncker försäkrade att det inte föreligger någon intressekonflikt när kommissionen ska undersöka Luxemburgs skattedomar för att vara misstänkt olagliga statsstöd till företag som Fiat.

Han lovade att inte yttra sig i statsstödsärenden där Luxemburg avhandlas.