Han beordrade också dit ryska militärer för vad han kallade en fredsbevarande operation.
EU:s utrikeschef Josep Borell kallade erkännandet för ett uppenbart brott mot internationell rätt och Ukrainas territoriella suveränitet.
EU och USA meddelade att de under tisdagen kommer att införa sanktioner efter Vladimir Putins erkännande av utbrytarregionerna i östra Ukraina.
I ett uttalande sade EU-kommissionens ordförande Ursula von der Leyen och Europeiska rådets ordförande Charles Michel att de båda fördömer ryskas agerande och kallar det för ett uppenbart brott mot internationell rätt och Minskavtalet.
"Unionen betonar sitt orubbliga stöd för Ukrainas självständighet, suveränitet och territoriella integritet inom sina internationellt erkända gränser", hette det i det gemensamma uttalandet.
Huruvida den så kallade fredsbevarande operationen är starten på den invasion som USA har varnat för under en tid är oklart.
Ukrainas president Volodymyr Zelenskyj sade under natten att Ukrainas gränser är oförändrade oavsett vad Ryssland säger och att agerandet är ett brott mot Ukrainas integritet och suveränitet. Han noterade samtidigt att Ryssland i och med beskedet legaliserade trupper som varit i Donbass sedan 2014.
Vid sidan av säkerhetspolitiken fortsatte också den amerikanska penningpolitiska debatten.
Fed-guvernören Michelle Bowman sade på måndagen att hon håller ett öppet sinne kring huruvida en höjning med 50 punkter kan vara aktuell vid mötet i mars.
"Jag kommer, precis som mina kollegor, att följa data nära för att bedöma en lämplig storlek på en höjning vid marsmötet", sade hon.
Hon uppgav också att hon förväntade sig att ytterligare räntehöjningar skulle vara motiverade efter marsmötet.
Inflationen lär enligt Michelle Bowman vara kvar på "obekvämt höga nivåer" till mitten av året samt att hon ser en betydande risk att den höga inflationen kommer att fortsätta efter det. Hon tror inte heller att löneinflationen kommer att mildras snart, då arbetsmarknaden är allt mer stram.