Det tillkännagav kommissionen i ett pressmeddelande på måndagen.

Kommissionen misstänker att två nederländska förhandsbesked om beskattning kan ha gett Inter Ikea lägre skatt än andra företag.

Det skulle i så fall strida mot EU:s statsstödsregler. Inter Ikea skulle vara skyldig att betala in den obetalda skatten.

"Alla företag, stora som små, oavsett om de är multinationella eller inte, bör betala sin rättmätiga andel av skatterna", sade EU:s skattekommissionär Margrethe Vestager i ett uttalande.

"EU-länderna kan inte låta vissa utvalda företag betala mindre skatt genom att tillåta att de artificiellt överför sin vinst någon annanstans", fortsatte hon.

Sedan 1980-talet använder Ikea en franchisingmodell där Inter Ikea inte äger Ikea-butikerna, utan tar emot franchisingavgifter.

Två förhandsbeslut från nederländska skattemyndigheter 2006 och 2011 har minskat Inter Ikea Systems skattepliktiga vinst betydligt, skrev kommissionen.

Inter Ikea betalade i sin tur en årlig licensavgift till ett annat företag i Ikea-koncernen, I.I. Holding, som är Luxemburg-baserat.

I Luxemburg var I.I. Holding undantaget bolagsskatt fram till 2011.

Då genomförde Ikea förändringar i företagsstrukturen så att Inter Ikea köpte de immateriella rättigheter från I.I. Holding.

Köpet betalades med ett lån från Inter Ikeas moderbolag i Liechtenstein. Det nederländska förhandsbeskedet från 2011 innebar att räntebetalningarna till Liechtenstein blev avdragsgilla på vinsten i Nederländerna.

Kommissionen påpekade att transaktioner mellan företag inom en koncern måste prissättas så att de motsvara den ekonomiska verkligheten - det vill säga som om de vore oberoende (armslängdsprincipen).

Detta kommer nu kommissionen att undersöka i Ikeas fall.

Kommissionen understryker att en fördjupad granskning inte föregriper utfallet av undersökningen.

Sedan juni 2013 har kommissionen undersökt flera EU-länders förhandsbesked för olika stora företag. I oktober 2015 fann kommissionen att Luxemburg och Nederländerna har gett Fiat och Starbuck otillåtna statsstöd i form av skatteförmåner.

I januari 2016 fann kommissionen att Belgien har beviljat minst 35 multinationella företag skatteförmåner inom ramen för skatteupplägget för "övervinster".

I augusti 2016 fann kommissionen att Irland har gett Apple skatteförmåner på 13 miljarder euro. I oktober 2017 fann kommissionen att Luxemburg har gett Amazon förmåner på 250 miljoner euro.

För närvarande pågår också undersökningar mot McDonald's och Engie (före detta GDF Suez).