Tyskland, Nederländerna och Finland backar från överenskommelsen vid EU-toppmötet i juni som ska göra det möjligt för räddningsfonden ESM att rekapitalisera spanska banker.
Det sade källor i EU-kommissionen på onsdagen som reaktion på ett brev från de tre ländernas finansministrar.
De tre ministrarna, Wolfgang Schäuble, Jan Kees de Jager och Jutta Urpilainen ställer i brevet upp nya villkor för att euroländernas permanenta räddningsfond ska kunna rekapitalisera banker i euroområdet direkt.
"För oss i kommissionen är det inte i linje med filosofin i överenskommelsen i juni. Vid toppmötet var alla ense och nu har deras ståndpunkt ändrats", sade källan.
Toppmötet enades om att ESM skulle kunna rekapitalisera banker, men först när en europeisk banktillsyn har skapats. Därför har kommissionen lagt fram ett förslag där Europeiska centralbanken får uppdraget att utöva europeisk banktillsyn från årsskiftet.
"Det handlar inte om ett missförstånd. Den gemensamma tillsynen ska sättas upp skydsamt så att bankerna kan rekapitaliseras från 2013", sade källan.
I nästa vecka ska tjänstemän från finansdepartementen i de olika euroländerna börja förhandla om detaljerna i ESM:s utformning.
I brevet kräver de tre finansministrarna att tillsynsmekanismen ska vara "etablerad och dess effektivitet fastställd" innan direkt rekapitalisering kan äga rum.
Vidare kräver de att beslut om rekapitalisering endast kan fattas enligt den vanliga beslutsordningen (enhällighet krävs) med en överenskommelse om ett reformprogram och inte nödfallsordningen (kvalificerad majoritet krävs).
Ytterligare ett krav är att "ESM kan ta direkt ansvar för problem som inträffar under den nya tillsynen men ärvda tillgångar bör vara nationella myndigheters ansvar", lyder brevet. Det skulle betyda att ESM inte kan rekapitalisera spanska banker, vars problem uppstod tidigare under spansk banktillsyn.
De tre ministrarna kräver också att ESM:s rekapitaliseringar ska ske baserat på realt ekonomiskt värde.
Dessutom ska ESM bara användas i sista hand, efter och att man först har använt privat kapital och sedan nationellt offentligt kapital för rekapitaliseringen.
Vid en pressbriefing sade kommissionens talesman Olivier Bailly att brevet startar debatten om den slutliga utformningen av ESM och att det är upp till euroländerna att besluta om detta.
"Vi anser att ESM:s möjlighet att rekapitalisera banker blir ett viktigt instrument för att kunna bryta länken mellan banker och statsskuld", sade han.