Varningen, levererad till eurozonens finansministrar av Poul Thomsen, chef för IMF:s europeiska avdelning, ökar utsikterna för att IMF kan komma att hålla tillbaka sin andel av ett lån på 7,2 miljarder euro som Grekland desperat försöker få för att undvika konkurs, rapporterar Financial Times på tisdagen.
Hälften av dessa 7,2 miljarder euro, som det just nu förhandlas intensivt om mellan Aten och dess långivare i Brysselgruppen, kommer från IMF. Utan dessa medel väntas Grekland få slut på kontanter den här månaden.
Eurozonens kreditgivare, som står bakom större delen av de grekiska lånen, är stenhårt emot skuldlättnader. Men IMF-stödet är avgörande både för finansiering och för att upprätthålla det politiska stödet för den grekiska nödhjälpen, speciellt i Tyskland.
Enligt två företrädare som var med på ett eurogruppsmöte i Riga förra månaden sade Poul Thomsen att preliminär data som IMF fått av grekiska myndigheter visade att Aten kommer att visa ett primärt budgetunderskott på så mycket som 1,5 procent av BNP i år.
Enligt det existerande nödlånemålet skulle Grekland visa ett budgetöverskott på 3 procent i år.
Och när ett stort överskott nu visar sig i stället bli ett betydande underskott kan Greklands skuldnivåer börja stiga kraftigt igen
"IMF anser att gapet mellan de två verkligheterna är väldigt stort just nu", sade en senior tjänsteman som är involverad i förhandlingarna, till Financial Times.